Vườn quốc gia Cúc Phương là một địa điểm khảo cổ. Các di vật của người tiền sử có niên đại khoảng 12.000 năm đã được phát hiện như mồ mả, rìu đá, mũi tên đá, dao bằng vỏ sò, dụng cụ xay nghiền... trong một số hang động ở đây chứng tỏ con người đã từng sinh sống tại khu vực này từ 7.000 đến 12.000 năm trước. Năm 1960, rừng Cúc Phương được công nhận là khu bảo tồn rừng và được thành lập theo Quyết định 72/TTg ngày 7 tháng 7 năm 1962 với diện tích 20.000 ha đánh dấu sự ra đời khu bảo vệ đầu tiên của Việt Nam. Quyết định số 18/QĐ-LN ngày 8 tháng 1 năm 1966 chuyển hạng lâm trường Cúc Phương thành VQG Cúc Phương. Quyết định số 333/QĐ-LN ngày 23 tháng 5 năm 1966 quy định chức năng và trách nhiệm của Ban quản lý rừng. Ngày 9 tháng 8 năm 1986, Cúc Phương được nêu trong danh sách các khu rừng đặc dụng theo Quyết định số 194/CT của Chính phủ Việt Nam với phân hạng quản lý là Vườn quốc gia diện tích 25.000 ha. Luận chứng kinh tế-kỹ thuật của vườn quốc gia được phê duyệt ngày 9 tháng 5 năm 1988 theo Quyết định số 139/CT. Trong đó, ranh giới của vườn được xác định lại với tổng diện tích là 22.200 ha, bao gồm 11.350 ha thuộc địa giới tỉnh Ninh Bình, 5.850 ha thuộc địa giới tỉnh Thanh Hóa và 5.000 ha thuộc địa giới tỉnh Hòa Bình. Toạ độ rừng: Từ 20°14' tới 20°24' vĩ bắc, 105°29' tới 105°44' kinh đông.

Vườn quốc gia Cúc Phương được thành lập theo Quyết định số 72/TTg ngày 07/7/1962 của Thủ tướng Chính phủ và Quyết định số 139/CT ngày 09/5/1998 của Chính phủ. Vườn thuộc địa giới hành chính của ba tỉnh: Ninh Bình (hầu hết xã Cúc Phương, một phần xã Kỳ Phú, Văn Phương, Yên Quang của huyện Nho Quan), Thanh Hóa (phần lớn núi đá vôi, núi đất, thung lũng các xã Thạch Lâm, Thạch Yên, Thành Mỹ, Thành Yên của huyện Thạch Thành), Hoà Bình (toàn bộ rừng núi đá vôi các xã Lạc Thịnh, Yên Lạc, Phú Lai, Yên Trị, Ngọc Lương của huyện Yên Thủy, xã Yên Nghiệp, Ân Nghĩa thuộc huyện Lạc Sơn).[1]